Struktur Organisasi

       Sejak diresmikan tahun 1982  status Museum Negeri Propinsi Sumatera Utara adalah sebagai Unit Pelaksana Teknis (UPT) Direktorat Jenderal Kebudayaan, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan. Sedangkan di tingkat Propinsi dibawah pembinaan  Kanwil Pendidikan dan Kebudayaan Propinsi Sumatera Utara.  Berdasarkan Surat Keputusan Sekretaris Ditjen Kebudayaan, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan  No. 0282/F1.2/CI.1988, Museum Negeri Propinsi dipimpin oleh seorang Kepala  Museum dibantu oleh Kasub Bag.Tata Usaha,  Kepala Seksi Bimbingan dan Edukasi, Kepala Seksi Koleksi, Kepala Seksi Konservasi dan Preparasi.  Struktur organisasi di Museum  berubah Berdasarkan keputusan  Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 001/0/1981 tanggal 9 Januari 1991 tentang Organisasi dan Tata kerja Museum Negeri Propinsi. Jabatan struktural adalah Kepala Museum dan Kasub Bag. Tata Usaha,  ditambah dengan jabatan fungsional.

       Sejalan dengan diberlakukannya Otonomi Daerah tahun 2000, sesuai dengan Undang-Undang no 22 tahun 1999,  status Museum Negeri Propinsi diserahkan menjadi kewenangan daerah (Propinsi) dan sesuai dengan Keputusan Gubernur Sumatera Utara  No 06 – 1- 442K/tahun 2002, Museum Negeri Propinsi Sumatera Utara sebagai Unit Pelaksana Teknis Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Propinsi Sumatera Utara. Susunan organisasi terdiri dari Kepala Museum  dibantu oleh Kasub Bag Tata Usaha, Kepala Seksi Koleksi, Kepala Seksi Bimbingan dan Edukasi, Kepala Seksi Konservasi dan Preparasi serta tenaga Fungsional.